一、主要职能
    贯彻执行国家、省有关水利工作的法律法规和方针政策，结合我市实际，拟定全市水利工作中长期规划，组织起草有关水利管理的规范性法规，经批准后监督实施。
    统一管理全市水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全市和跨县区水中长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全市水资源公报。根据国家、省节约用水政策，制定莆田市节约用水规范性文件，编制节约用水规划，组织、指导和监督全市节约用水工作。
    按照国家和省有关资源与环境保护的法律、法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
    组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和县区间的水事纠纷。
    负责对水利建设资金的使用进行引导、监控；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
    编制、审查重要水利工程的项目建议书、可行性研究报告和初步设计文件，并按规定的基本建设程序办理审批手续；组织水利科研，负责新工艺、新设备、新技术的推广与应用；监督实施水利行业有关的技术质量标准、规程、规范；指导和管理全市水利工程建筑市场，规范建筑市场行为，指导、监督和管理水利工程招投标、工程监理以及工程质量和安全。
    组织、指导全市水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导主要河道、河口的治理和开发，负责海岸滩涂的围垦工作和海堤建设与管理工作；办理跨市河流协调事务；组织建设、指导和管理具有控制性的或跨县区的重要水利工程；组织、指导水库、电站大坝的安全监管。
    指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设。 组织全市水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
    指导全市水利行业队伍的建设管理工作。 指导全市水利行业的水电工作，组织协调农村水电电气化工作。
    承担莆田市人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全市防洪工作，对主要江河和重要水利水电工程实施防汛抗旱调度。承办市政府交办的其他事项。
    二、现任领导班子及工作分工
    局党组书记、局长张建华； 局党组成员、副局长黄国富；局党组成员、副局长陈金江；局党组成员、副局长陈金枝；局党组成员、总工程师张章模。局领导班子工作分工如下：
    1、张建华局长：主持全面工作；负责计划财务和人事方面工作。
    2、黄国富副局长：负责水利建设、重点水利工程、水土保持、水电及农村电气化建设、工程质量监督、监理、招投标方面工作；分管水利建设与管理科、水土办（含水土保持监督）、水利工程建设站、工程质量监督站。
    3、陈金江副局长：负责防汛抗旱、党务、纪检监察、综治、计生、信访、精神文明建设、行风评议、机关效能建设和离退休干部方面工作；分管办公室、防汛办、局直属水管单位。
    4、陈金枝副局长：负责水利工程管理、水政水资源、安全生产、科技与外经、项目前期方面工作；分管水政水资源科（含水政监察支队）、水利工程管理站。
    5、张章模总工程师：负责技术方面工作；协助局长抓水利水电发展规划，工程审查、质量监督、技术咨询、技术攻关、学术交流和学会工作。
    三、机构设置
    1、内设职能科室3个：办公室（挂计划财务科牌子）、水政水资源科（挂市节约用水办公室牌子）、水利建设管理科。
    2、挂靠科室2个：市人民政府防汛抗旱指挥部办公室、市水土保持委员会办公室（水土保持监督站）。
    3、带行政职能的事业站2个：莆田市水利建设站、莆田市水利管理站。
    四、下属单位
    1、莆田市水政监察支队
    2、莆田市木兰溪防洪工程建设管理处   
    3、莆田市东圳水库管理局
    4、莆田市秋芦溪水电管理处
    5、莆田市东方红水库管理处
    6、莆田市东圳水电站
    7、莆田市木兰溪水利管理处
    8、莆田市南北洋海堤管理处
    9、莆田市水电工程处
    10、莆田市水利水电勘测设计院
    11、莆田市供水公司
    12、莆田市胜利海堤管理处
    13、莆田市金莆供水有限公司